В целях безопасности, пользователям 1С обычно запрещено запускать внешние обработки, поэтому администратору системы необходимо загрузить обработку непосредственно в базу 1С
Права доступа
Настроить права доступа на выполнение команд модуля интеграции
Отдельно настраивать права доступа на учетные разделы системы, не требуется. При работе с модулем интеграции пользователи выполняют действия в пределах текущих прав
Подробнее о правах доступа: Права доступа (v4.0.3)