В целях безопасности, пользователям 1С обычно запрещено запускать внешние обработки, поэтому администратору системы необходимо загрузить обработку непосредственно в базу 1С и настроить права доступа на выполнение команд модуля интеграции
Права доступа
Отдельно настраивать права доступа на разделы системы, не требуется. При работе с модулем интеграции пользователи выполняют действия в пределах текущих прав
Подробнее о правах доступа: Права доступа (v4.0.3)