Если в документе Начисление зарплаты и взносов появляется ненужный перерасчет, то необходимо:
Перед начислением зарплаты очищать в Перерасчеты ненужные перерасчеты
Либо
Включить Выполнять доначисление и перерасчет зарплаты отдельным документом
Чтобы узнать какие документы необходимо пересчитать необходимо зайти в Зарплата → Сервис → Перерасчеты
...